Marek Bobiš získal od roku 2002 skúsenosti v riadení a implementácii štrukturálnych fondov a iných mechanizmov pomoci EÚ, pričom najdôležitejšími boli jeho úlohy pri vytvorení systému implementácie štrukturálnych fondov v Slovenskej energetickej agentúre (v súčasnosti Slovenská inovačná a energetická agentúra). Pôsobil tiež na Ministerstve hospodárstva SR a v súčasnosti pracuje ako programový manažér na Ministerstve životného prostredia SR.