Kvalifikační dohodu je možné uzavřít i v souvislosti s prohlubováním kvalifikace.
Pro podstatné náležitosti kvalifikační dohody a maximální dobu trvání závazku zaměstnance setrvat po prohloubení kvalifikace u zaměstnavatele platí totéž, co u kvalifikační dohody uzavřené v souvislosti se zvyšováním kvalifikace.
Rozdílem oproti kvalifikační dohodě uzavírané v souvislosti se zvyšováním kvalifikace je, že zákoník práce předepisuje minimální rozsah nákladů prohlubování kvalifikace, a to ve výši 75 000 Kč. Pokud celková výše nákladů tuto částku nepřesáhne, není v souvislosti s prohlubováním kvalifikace možné kvalifikační dohodu uzavřít.