Součástí závěru o dlouhodobém pozbytí zdravotní způsobilosti musí být také uvedení příčiny tohoto pozbytí (pracovní úraz, nemoc z povolání či obecné onemocnění), která je rozhodná z hlediska dalšího postupu zaměstnance a zaměstnavatele (např. pro určení správného výpovědního důvodu a následného vyplacení odstupného dle § 67 zákoníku práce). Tuto příčinu však není často možné z medicinského hlediska určit ihned v lékařském posudku o dlouhodobém pozbytí zdravotní způsobilosti, neboť k tomu poskytovatel mnohdy nutně potřebuje další podklady (např. zprávy o šetření pracovního úrazu či lékařský posudek o uznání nemocí z povolání), jejichž pořízení může trvat dlouhou dobu.
Právní úprava proto pro případy, kdy není možné ihned stanovit příčinu pozbytí zdravotní způsobilosti zaměstnance, umožňuje poskytovateli vydat 2 posudky, přičemž v prvním bude uveden závěr o dlouhodobém pozbytí zdravotní způsobilosti k výkonu práce, a v posudkovém závěru druhého se uvede, zda posuzovaná osoba smí, nebo nesmí nadále konat dosavadní práci pro pracovní úraz, nemoc z povolání či obecné onemocnění. Pokud je však již v prvním posudku možné určit příčinu pozbytí zdravotní způsobilosti, takovému postupu samozřejmě nic nebrání.
Také v případě posudku o určení příčiny dlouhodobého pozbytí zdravotní způsobilosti musí zaměstnavatel doručit poskytovateli pracovnělékařských služeb žádost o vydání posudku, ovšem nejedná se o klasickou žádost o provedení pracovnělékařské prohlídky, neboť ta již byla společně s vydáním prvotního posudku provedena v předcházejícím období.
V případě posudku o určení příčiny dlouhodobého pozbytí zdravotní způsobilosti činí lhůta pro vydání posudku 45 dnů od podání žádosti. Uvedená lhůta však neběží až do obdržení posledního potřebného podkladu, což znamená, že se v konkrétním případě může vydání posudku značně protáhnout.
Prodloužená 45denní lhůta je stanovena také pro předání spisu posuzujícím lékařem k rukám přezkumného orgánu (v případě podání návrhu na přezkum posudku).