Zákoník práce obsahuje speciální pravidla směrem k určení odborové organizace jednající ve vztahu k jednotlivým zaměstnancům, tedy zastupující zaměstnance v situacích týkajících se jejich individuálních pracovněprávních vztahů k zaměstnavateli.
Uvedenými situacemi je myšleno např. projednání výpovědi nebo okamžitého zrušení pracovního poměru zaměstnance dle § 61 odst. 1 zákoníku práce, projednání výše požadované náhrady škody způsobené zaměstnancem a obsahu dohody o způsobu její náhrady dle § 263 odst. 3 zákoníku práce apod. Naopak sem nepatří např. kolektivní vyjednávání za účelem uzavření kolektivní smlouvy, informování a projednávání záležitostí uvedených v § 287 zákoníku práce apod. Tyto záležitosti se totiž týkají kolektivu, nikoliv jednotlivého zaměstnance a jeho individuálního pracovněprávního vztahu.
Primárním pravidlem je, že za konkrétního zaměstnance jedná v individuálních záležitostech ta odborová organizace, jíž je zaměstnanec členem.
Odborově neorganizovaný zaměstnanec, tedy zaměstnanec, který není členem žádné odborové organizace působící u zaměstnavatele, je obecně v individuálních věcech zastupován odborovou organizací s největším počtem členů, kteří jsou u zaměstnavatele v pracovním poměru. Pokud tedy u zaměstnavatele působí jediná odborová organizace, jedná bez dalšího za zaměstnance „nečlena“ ona, a v případě působení více odborových organizacích pak ta, která má nejvíce členů v pracovním poměru u zaměstnavatele.
Odborově neorganizovaný zaměstnanec si však může sám zvolit (určit) odborovou organizaci, která jej bude v individuálních věcech zastupovat (např. tu, která je mu svou činností sympatická, ale nemá největší členskou základnu), případně zastoupení jakoukoliv odborovou organizací v předmětných věcech zcela vyloučit, a to buď ad hoc pro konkrétní případ, nebo i obecně.
Určená (zvolená) odborová organizace působící u zaměstnavatele musí zaměstnance zastupovat i tehdy, kdyby sama nechtěla. To samé platí pro zaměstnavatele, který musí své povinnosti na předmětném poli (projednání, informování apod.) plnit vůči určené odborové organizaci.
Z povahy věci by měl zaměstnanec informovat o své volbě jak zaměstnavatele, tak odborovou organizaci, která jej bude zastupovat.
Pokud zaměstnanec sdělí zaměstnavateli, že nechce, aby jej v jeho individuálních pracovněprávních vztazích zastupovala jakákoliv odborová organizace, nebude zaměstnavatel individuální záležitosti týkající se tohoto zaměstnance řešit s žádnou odborovou organizací.
Lze předpokládat, že zaměstnanec vylučující zastoupení jakoukoliv odborovou organizací bude povětšinou toto prohlášení směřovat primárně vůči zaměstnavateli, ovšem již nikoliv vůči odborové organizaci. Takový postup je z právního hlediska dostačující, ovšem zaměstnavatel by měl informovat příslušnou odborovou organizaci o tom, že zaměstnance nebude v individuálních záležitostech zastupovat, a přiložit k této informaci kopii zaměstnancova prohlášení.
Zákon pro prohlášení o určení zastupující odborové organizace či o vyloučení zastoupení nepředepisuje povinnou písemnou formou. Pro zachování právní jistoty je však dodržení písemné formy předmětných projevů vůle žádoucí.